Габдулла же стал первым улемом, имамом и мударрисом в династии. В 1870 году он начинает посещать занятия в медресе «Марджания». Впоследствии Габдулла стал зятем Шигабетдина Марджани, женившись на его младшей дочери Бибихаве. В 1880‑е годы он продолжил образование в Турции и Египте. Пройдя полный курс медресе, в 1890 году Габдулла получил указ на исполнение должности второго муллы Юнусовской (Сеннобазарной) мечети. В 1895 году знатные люди прихода постарались перевести Габдуллу на должность имам­хатыба (то есть главы махалли), но власти заблокировали это решение. Когда­то роды Апанаевых и Юнусовых были в числе виднейших олигархических кланов татарской Казани. Но к концу XIX века в условиях упадка рода Юнусовых Апанаевы получили шанс резко увеличить свой вес.

Молодой имам приступил к реформе приходского медресе. Его важнейшим сторонником стал Ахмад­Хади Максуди — автор классических работ по догматике («Ибада Исламия») и шариату («Шариат Хукемнэре»). Максуди был основным корреспондентом и сотрудником издания Исмагила Гаспринского в Казани, что повлияло на вовлечение Апаная в ядро джадидистского движения сначала в Казани, а затем и на общероссийском уровне.

Как представитель рода миллионеров и благотворителей Габдулла всегда занимался вопросами помощи неимущим слоям мусульман. В 1902–1907 годы Апанай был председателем правления Общества пособия бедным мусульманам г. Казани. Находясь на посту, он внес в работу общества значительные изменения. Так, Апанай выступил в качестве смелого реформатора, сумел привлечь на пользу обществу закят (милостыню) казанских мусульман, который по традиции полагалось давать лишь на нужды конкретных людей. Закят в статье доходов благотворительного общества занял первое место. Только в 1917 году соратник Апаная муфтий Баруди издаст фетву (разрешительный правовой акт) на направление закята на нужды верующих, прежде всего в сфере просвещения.

В годы российской революции 1905–1907 годов Габдулла стал одним из основателей либеральной партии российских мусульман «Иттифак аль­муслимин», принял участие в разработке ее программы. Уже в начале революции он принял участие в прошедшем 10–15 апреля 1905 года в Уфе при Оренбургском магометанском духовном собрании под председательством муфтия М. Султанова «Улама жэмгыяте» («Общества улемов»). После закрытия совещания была создана комиссия по доработке петиции, в которую также вошел Г. Апанай. 12 мая 1905 года петиция с сопроводительным письмом муфтия была направлена в МВД.

Г. Апанай был участником всех трех Всероссийских мусульманских съездов 1905–1906 годов. На III Всероссийском мусульманском съезде 1906 года в Нижнем Новгороде он был избран членом президиума, председателем образовательной комиссии и членом комиссии по подготовке программы «Иттифака», а затем членом ЦК «Иттифака». Здесь он вступил в дискуссию с молодыми радикалами, аргументируя свою позицию обычно простым здравым смыслом. Лидер аграрных социалистов «тангчылар» писатель Гаяз Исхаки выступил лишь за избрание имама народом и назначение на должность учителя при прохождении соответствующего экзамена в школьной комиссии. Апанай заявил, что в таком случае необходим как минимум 2000 учителей, но где их взять? Ведь правительственные учебные заведения выпускали по 15–20 учителей в год.

В состав возглавляемой казанским муллой и мударрисом Габдуллой Апанаем образовательной комиссии вошли представители мусульман Центральной России, Волго­Уральского региона, Северного Кавказа, Азербайджана, Крыма, Казахстана и Туркестана, то есть всех основных мусульманских регионов Российской империи. Комиссия приняла решение о введении всеобщего начального образования на родном языке. В средней школе языком преподавания становился литературный язык российских мусульман «тюрки». Автономная мусульманская система образования была приравнена в правах к государственной и финансировалась государством и органами самоуправления — земствами. Местные общины контролировали школы. Главным методическим и аналитическим центром, контролирующим программы и учебную литературу, становился «Всероссийский Союз учителей» с его регулярными «Всероссийскими Съездами учителей». В крупных городах открывались мужские и женские учительские институты. Только медресе сохраняли статус духовных учебных заведений и переходили под контроль комиссии Духовного собрания.

В Казани Апанай был избран членом местного бюро «Иттифака». Он делал все возможное для развития просвещения, и в октябре 1906 года вошел в комиссию по открытию учительской школы в Казани. Ее открытие стало бы выполнением резолюции нижегородского съезда, но разрешение не было получено.

Апанай являлся издателем и редактором газеты «Азат» («Свобод­ный», 1906), выходившей в свет под лозунгом «Счастье в знании, просвещении, единении и союзе». В передовой статье первого номера недвусмысленно характеризуется выбранное изданием направление: «Верная своему призванию, газета будет бороться за процветание свободы, никогда не примирится с угнетением, бесправием, унижением и отсталостью народа, будет вести борьбу за предоставление равных прав всем национальностям». Однако позднее редактор не согласился с просоциал­демократической ориентацией журналистов (Галиаскара Камала, Хусаина Ямашева, Гафура Кулахметова), и издание было закрыто.

В 1908 году по административному распоряжению казанского губернатора Габдулла был отправлен в ссылку в Вологодскую губернию вместе с лидерами казанского бюро «Иттифака» Г. Баруди, С. Галеевым, Г. Казаковым. По возвращении из ссылки в 1910 году он вновь оказывается в самом центре общественной жизни. Апанай избирается гласным городской думы и там работает сразу в четырех комиссиях. Помимо этого, много времени посвящает любимому делу — просветительству.

На Всероссийском съезде духовенства в июле 1917 года Апанай был избран в Центральное бюро Всероссийского союза духовенства. В ноябре 1917 года Милли Идарэ (Национальное управление — правительство национально­культурной автономии) назначило его мухтасибом Казанской губернии. Габдулла­хазрат от имени духовенства губернии агитировал за формирование национальных воинских частей и создание Идель­Урал Штата как субъекта Российской Федеративной Республики, провозглашенной Всероссийским Учредительным собранием. Как и его былой оппонент Исхаки, Апанай видел в большевиках наследников черносотенцев и миссионеров. Он резко протестовал против узурпации власти большевиками, разгона Учредительного собрания и национальных организаций.

Апанай был расстрелян в качестве заложника 25 июля 1919 года после убийства восставшими солдатами Татарского запасного батальона начальника политотдела Центральной Мусульманской военной коллегии (ЦМВК) Камиля Якуба. Его обвинили в поддержке правительства Учредительным собранием — КомУЧа, в подготовке контрреволюционного мятежа и (совершенно бездоказательно) в убийстве лидера мусульманских левых социалистов Мулланура Вахитова.